Bağırsak mikrobiyomundaki bakterilerin özel görevleri vardır. “İyi ya da dost dediğimiz” bakteriler bağırsak mukozasının temiz kalmasına, sindirimin ve bağışıklık sisteminin sorunsuz bir şekilde işlemesine ve zararlı mikroorganizmalarla savaşılmasına dikkat eder. “İyiler” istenmeyen kötü mikroorganizmaların yaşama şansı olmayacak şekilde bağırsak ortamının pH değerini değiştirerek ve sıkı bir bariyer oluşturarak bizi enfeksiyonlardan korurlar. Ayrıca savunma bariyerini güçlendiren ve böylece alerji gelişimini engelleyebilen immünoglobulin oluşumunu da desteklerler. Mikrobiyom sinir sistemimizi, ağrı algımızı ve gıdalarımızın nasıl ve ne şekilde değerlendirildiğini de etkilemektedir. Bunlar ishal patojenleri ile mücadele edebilmekte, enzim üretimi sayesinde sindirimi desteklemekte veya bağışıklık sistemini güçlendirmekte ve bu sayede alerjilere, atopik egzamaya veya astıma karşı koruyucu bir kalkan olarak işlev görmektedir.
Bağırsak, tek bir bakteri suşundaki en ufak bir değişikliğe bile tüm mikrobiyomun değişmesi ile tepki verebilen son derece hassas bir organdır. Bu anlamda yapılan araştırmalar, kronik bağırsak inflamasyonları, obezite, diyabet, kanser, romatizma, astım ve birçok otoimmün hastalıktan bakterilerin dengesindeki bozukluğun “sorumlu” olabileceğini ve hatta bu durumun depresyonlar gibi ruhsal problemlerde bile bir rol oynayabileceğini açık bir şekilde göstermektedir. Bu anlamda yeterince güçlü ve dengeli bir mikrobiyomun, sağlığımızın korunması için çok güçlü bir potansiyel teşkil ettiği aşikârdır.