Sindirim sisteminin toksik maddelerden ve çürükçül mikroorganizmalardan arındırılmasına katkı sağlanması için, zengin bağırsak bakteri suşlarına sahip olunması önem taşımaktadır. Bu bakterilerin görevleri arasında, vitamin ve enzim üretimine katkıda bulunmanın yanı sıra fizyolojik olarak istenmeyen mikroorganizmalara karşı doğal savunma mekanizmalarının desteklenmesi ve hassas bağırsak mukozasının korunmasına yardımcı olunması da yer alır.
Bağırsak mikrobiyomundaki bakterilerin farklı görevleri bulunmaktadır. “İyi” ya da “dost” olarak adlandırılan bakteriler, bağırsak mukozasının dengede kalmasına, sindirimin ve bağışıklık sisteminin normal fonksiyonlarının sürdürülmesine ve zararlı mikroorganizmaların baskılanmasına katkı sağlar. Bu bakteriler, bağırsak ortamının pH dengesine etki ederek ve bariyer fonksiyonunu destekleyerek, istenmeyen mikroorganizmaların çoğalmasının sınırlandırılmasına yardımcı olabilir. Ayrıca savunma bariyerini destekleyen ve bu sayede alerjik yanıtların gelişme riskinin azaltılmasına katkı sağlayabilen immünoglobulin oluşumunu destekleyebilirler. Mikrobiyomun, sinir sistemi ile olan etkileşimi, ağrı algısı ve besinlerin vücut tarafından değerlendirilme süreçleri üzerinde etkili olabileceği bildirilmektedir. Bu bakteriler, ishal etkenleriyle mücadelede rol alabilir, enzim üretimi yoluyla sindirimi destekleyebilir ve bağışıklık sisteminin normal işleyişine katkı sağlayarak alerjik yatkınlıkların azaltılmasına yardımcı olabilir.
Bağırsak, tek bir bakteri suşundaki küçük değişimlere dahi mikrobiyom dengesinin etkilenmesiyle yanıt verebilen son derece hassas bir organdır. Bu alanda yapılan bilimsel çalışmalar, kronik bağırsak inflamasyonları, obezite, diyabet, kanser, romatizma, astım ve çeşitli otoimmün hastalıklar ile bağırsak bakterilerindeki dengesizlikler arasında ilişki olabileceğini ve bu durumun depresyon gibi bazı ruhsal durumlarla da bağlantılı olabileceğini ortaya koymaktadır. Bu bağlamda dengeli ve güçlü bir mikrobiyomun, genel sağlığın korunmasına katkı sağlayabilecek önemli bir potansiyele sahip olduğu değerlendirilmektedir.