Bağırsak florası, diğer bir deyişle mikrobiyota, bağırsakta bulunan canlı organizmaların bütünüdür ve vücudun genel sağlığı üzerinde önemli bir rol oynar. Vücutta bulunan yaklaşık 40 trilyon bakterinin %70’inin bağırsaklarda yer aldığı bilinmektedir. Sağlıklı bir bağırsak florası, genel iyilik halinin korunmasına katkı sağlar ve bağırsaklar halk arasında “ikinci beyin” olarak da adlandırılmaktadır. Günümüzde birçok sağlık durumunun, bağırsak florasındaki dengenin bozulmasıyla ilişkili olabileceği ifade edilmektedir.

Bağırsak sağlığı vücut için önemlidir; çünkü bağırsaklar bağışıklık sisteminin önemli bir bölümünü barındırır. Bağırsaklarda, vücudun doğal savunma mekanizmalarında görev alan bağışıklık hücrelerinin büyük bir kısmı bulunur. Bu hücreler, vücudun dış etkenlere karşı savunma kapasitesinin korunmasında rol oynar. Sağlıklı bireylerde, bağırsakta bulunan milyarlarca bakteri sindirim sisteminin normal işleyişine ve genel iyilik halinin sürdürülmesine katkıda bulunur. Sağlıklı bir bağırsakta, bağışıklık sistemine ait hücrelerin yoğunluğunun diğer bazı bağışıklık dokularına kıyasla daha fazla olduğu bilinmektedir.